在美白牙齒過程中，會出現一些不良反應，如牙齒敏感、牙齦刺激、牙頒部和牙根外吸收等。牙齒敏感可能是由于過多使用含氧化劑成分的漂白劑引起，而牙齦刺激則是由于使用含氧漂白劑的夜用托盤過久而導致。如果出現牙齒敏感，可以通過減少使用頻率、縮短漂白時間和降低漂白劑濃度等方法解決。治療活髓牙漂白時，醫生會將高濃度的漂白劑置于著色牙表面，并采用加熱、光照或激光等方式加速漂白過程，這被稱為冷光漂白。

外源性著色會導致牙齒變色，對于外源性著色，主要產生原因是食物、煙草等著色物質沉淀在牙齒表面，或者口腔中的色素菌沉積在牙齒表面形成菌斑和獲得性膜而引起。這些色素可以附著在牙齒表面或者通過牙齒表面的微小裂隙進入到牙齒內部造成局部滲入。